任研究中世纪的学者厄恩斯特·H.康托洛维茨教授，但是斯特劳斯叫停了此事，因为康托洛维茨拒绝签署加州校董会忠诚誓言。后来斯特劳斯发现自己是唯一投反对票的人，他这才做出让步。当国会通过的法案要求接受原子能委员会基金资助的科学家必须获得联邦调查局的安全许可时，奥本海默怒气冲冲地给原子能委员会写了一封信。他写道，普林斯顿高等研究院将不再接受这类基金资助，理由是安全调查的要求违背了研究院的“传统”。直到1个月后，奥本海默才把他的决定通知了董事会。根据会议记录，一些董事表示他们担心院长的行为可能会让研究院卷入“政治旋涡”，特别是惹上联邦调查局。董事会告诉奥本海默，今后在做此类决定之前应该先征询董事会的意见。
1948年春，奥本海默接受了《纽约时报》记者的采访，他在采访中畅谈了自己对普林斯顿高等研究院的设想。他说，他希望能邀请到更多的学者，甚至是非学术圈的商界或政界资深人士，进行一学期或一年的短期访问。这一点被《纽约时报》报道为：“奥本海默打算减少高等研究院的终身教授。”随后，在记者的笔下，奥本海默的工作成了一份轻松惬意的差事：“假设你有一笔由2 100万美元捐款支撑的基金可供支配……假设你可以用这笔资金邀请世界上最伟大的学者、科学家和富有创造力的艺术家成为你的带薪房客，他们可以是你最喜欢的诗人、你很感兴趣的那本书的作者，或者你想与之探讨宇宙本质的欧洲物理学家。这正是奥本海默喜欢的安排，他可以满足自己所有的兴趣和好奇……”
不用说，这些话让高等研究院的一些终身教授们眉头紧蹙，另一些人则对他们的院长可以根据自己突发奇想的学术兴趣来管理研究院颇为不满。1948年，奥本海默又犯了一个轻率的错误，他在接受《时代》杂志采访时打趣说，虽然研究院是一个可以供人“坐下来思考”的地方，但是我们只能确定他们坐在那里。他接着说，这所研究院散发着“某种中世纪修道院的气息”。然后，他又不经意地伤害了那些终身教授的感情，他说研究院最棒的就是它是一间“学者旅店”。《时代》杂志将该研究院描写成“供短暂驻足的思想者休息、恢复和养精蓄锐的地方，之后他们会继续上路”。随后，教员们告诉奥本海默，他们对这样“令人反感”的媒体报道“很有意见”。
奥本海默为研究院制订的宏伟计划经常遭到抵制，尤其是来自数学家们的抵制，最初他们以为奥本海默会在研究院的聘任和预算方面偏向他们。他们之间的争执有时会变得非常琐碎。奥本海默的秘书韦尔娜·霍布森很善于观察，她说：“研究院是一个有趣的伊甸园。可是，在一个理想化的团体里，当你消除了所有的日常摩擦，取而代之的冲突会更加残酷。”这些争执主要集中在人员聘任问题上。有一次，奥本海默正在主持一个会议，这时奥斯瓦尔德·维布伦走了进来，他坚持要听他们的讨论。奥本海默告诉他必须离开，这位数学家断然拒绝，于是奥本海默把会议转移到了另一个房间。“这就像小男孩打架一样。”霍布森回忆说。
维布伦经常给奥本海默制造麻烦。作为董事之一，他一直像是高等研究院里的权力掮客。事实上，许多数学家都希望维布伦能被任命为院长。可是事与愿违，正如研究院的一位教授所说：“奥本海默这个暴发户被招了进来……”冯·诺依曼曾积极反对任命奥本海默为院长，他在给斯特劳斯的信中写道，“奥本海默的才华无可争议”，但他“严重怀疑让奥本海默担任院长是否明智”。冯·诺依曼和许多数学家都赞成“由一个教员委员会来取代院长一职，委员会的成员轮流担任一两年的主席”。不过，最终结果与他们的期望背道而驰：他们迎来了一位坚持己见、胸怀宏图的院长。
奥本海默在高等研究院也展现出了他领导洛斯阿拉莫斯时的那种耐心和活力。但是，根据戴森的说法，他与数学家们的关系“糟糕透顶”。高等研究院的数学系一直首屈一指，奥本海默尽量不去干涉他们的事情。事实上，在他担任院长的第一年，他还让数学系的人员增加了60%。不过，数学家们非但没有投桃报李，还总是反对他聘任其他学科的人员。在沮丧和愤怒之下，奥本海默曾称38岁的数学家迪恩·蒙哥马利是“我见过的最傲慢、最顽固的狗杂种”。
这些内心深处的情绪最终也会失控爆发。“他（奥本海默）就是想羞辱数学家。”安德烈·韦伊（1906—1998）说道，这伟大的法国数学家在普林斯顿高等研究院待了几十年。“奥本海默整个人都沮丧透了，他的乐子就是挑起人们的争吵。我见他这么干过。他喜欢看高等研究院的人们吵吵闹闹。他之所以感到沮丧，主要是因为他想成为尼尔斯·玻尔或阿尔伯特·爱因斯坦，但他也知道自己办不到。”韦伊是奥本海默在高等研究院遇到的那种典型的自大狂。这些人可不是他在洛斯阿拉莫斯凭人格魅力就能轻易领导的年轻人。韦伊为人傲慢尖刻，对他人也很苛刻，他以恐吓别人取乐，可是他无法威胁到奥本海默，这让他感到非常愤怒。
虽然学术圈的政治是出了名的锱铢必较，但
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