奥本海默还面临着一些研究院特有的难题。从学科规律来看，数学家往往在二三十岁时就能凭天赋到达职业巅峰，而历史学家和其他社会科学家经常需要多年的勤奋准备才能开始真正的创作。因此，研究院可以轻而易举地发现并招募到杰出的年轻数学家，但几乎不会聘任资历尚浅的历史学家。而且，那些年轻的数学家可以读懂并评价历史学家的工作，但没有一位历史学家能对数学系的候选人评头论足。最令人伤脑筋的地方是：数学家的全盛时期很快就会过去，而且因为没有教学职责，他们人到中年后，许多人的兴趣开始转移到别的地方。如果没有什么能吸引他们的注意力，这些数学家就会把每一次聘任都搞得火药味十足。相反，那些非数学领域的学者因为年龄较大而且正处于职业生涯的全盛期，他们对于这种学术斗争既没有兴趣也无暇顾及。但是，令数学家们不快的是，他们在奥本海默身上发现，面前的这位院长虽然是一个物理学家，但他已经下定决心要让高等研究院在自然科学与人文、社会科学之间保持平衡。为此，他招募了心理学家、文学评论家甚至诗人，这让数学家们感到错愕。
有时，奥本海默被这些争夺地盘的钩心斗角弄得精疲力竭，他身边的那些人就成了他发泄不满的对象。有一次他发现弗里曼·戴森冒失地和别人议论起即将聘用的一位物理学家，奥本海默随即把戴森叫进自己的办公室。“他真的让我无法招架，”戴森回忆说，“我看到了他最凶悍的一面。这太糟糕了。我真的觉得自己就像个懦夫，他让我相信我真的背叛了他对我的所有信任……他就是这样，他想按自己的方式做事。研究院是他自己的小王国。”
在洛斯阿拉莫斯，奥本海默很少表现得粗暴无礼，而在普林斯顿，他的过激行为有时甚至连最亲近的朋友都感到震惊。可以肯定的是，大多数时候，奥本海默的机智和优雅举止依然让人着迷，但有时他似乎无法克制自己的狂妄自大。亚伯拉罕·派斯记得，因为奥本海默无端的讽刺挖苦，有几次年轻的学者哭着走进了他的办公室。
很少有演讲者能抵挡奥本海默的干扰，但雷斯·约斯特做到了，而且令人印象深刻。一天，在这位瑞士数学物理学家的讲座上，奥本海默打断他问是否可以就其中一点进一步详细解释。约斯特抬起头说：“好的。”但是他又接着讲了下去。奥本海默制止了他，说道：“我的意思是，你能解释刚才那一点吗？”这一次，约斯特说：“不能。”当奥本海默问原因时，约斯特回答说：“因为即使我解释了，你也不懂，还会问更多的问题，用掉我一小时的讲座时间。”在约斯特余下的讲座中，奥本海默一直安安静静地坐在那里。
奥本海默躁动不安，才华横溢，情感疏离，对那些近距离观察他的人来说，他总像是一个谜。派斯几乎每天都能在高等研究院见到他，他认为奥本海默是一个心扉紧闭的人，“不喜欢表露自己的情感”。别人很少能瞥见他内心强烈的情绪。一天晚上，派斯去普林斯顿花园剧院观看1937年让·雷诺阿导演的电影《大幻影》，这部经典的反战电影讲述了一战士兵之间的战友情、阶层问题和背叛。灯光亮起后，派斯发现奥本海默和姬蒂就坐在后排，他看得出奥本海默一直在哭泣。
还有一次是在1949年，派斯邀请奥本海默和姬蒂去他在迪金森街的小公寓参加聚会。晚上，心血来潮的派斯拿出自己的吉他，他让大家坐在地板上唱民谣。奥本海默很配合地照做了，但派斯注意到他露出一副“傲慢的样子，很显然他觉得自己不该出现在这么荒唐的场合”。然而，在大家唱了一会儿之后，派斯又瞥了奥本海默一眼，“感动地发现奥本海默那高人一等的态度不见了，相反，他现在看起来就像一个性情中人，只想和大家在一起”。
研究院里的生活平和舒适。每天下午三四点，在富尔德楼主楼的公共休息室会供应茶点。奥本海默曾经说：“茶歇是我们为彼此答疑解惑的时间。”奥本海默每周会举办两三次气氛活跃的研讨会，主题通常是物理学，但有时也涉及其他领域。他说：“传递信息的最好方式就是以人作为载体。”理想的思想交流总要有一些产生火花的碰撞。高等研究院的经济学家沃尔特·W.斯图尔特博士说：“年轻的物理学家们毫无疑问是我们这里最聒噪、最热闹、最活跃、思维最敏捷的群体……几天前，他们从一个研讨会冲出来的时候，我问其中一个人：‘研讨会如何？’他说：‘太棒了，上周我们知道的物理知识都是错的！’”
然而，有时研讨会的演讲嘉宾会因为受到后来所谓的“奥氏待遇”而不知所措。戴森在写给英国父母的信中描述了这样的经历：“我一直在认真观察他在研讨会上的行为举止。如果有人为了照顾其他听众讲了一些他知道的内容，他就会忍不住催促对方往下讲；如果有人说了一些他不知道或者不能马上认同的内容，他就会在别人详细解释之前插嘴，进行尖锐甚至激烈的批评……他会一直紧张不安地踱来踱去，而且烟不离手，我认为他无法控制自己的焦躁。”有些讲者会被奥本海默的另外一些小动作搞得无所适从，比如他会不停地咬拇指尖和叩门牙。
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