“他从来不透露自己的看法”
我们的核垄断就像在太阳底下融化的冰激凌蛋糕……
——罗伯特·奥本海默，《时代》杂志，1948年11月8日
1949年8月29日，苏联在哈萨克斯坦一个与世隔绝的试验场秘密引爆了一颗原子弹。9天后，一架美国B-29战机飞越了北太平洋上空，这是一架进行大气探测的侦察机，通过专门用来探测核爆炸辐射物的滤纸，他们发现了核爆炸的迹象。9月9日，杜鲁门政府的高层官员收到了这一消息。没人愿意相信这一事实，杜鲁门本人也表示怀疑。为了解决此事，他们同意由一个专家小组来分析证据。值得注意的是，国防部选择万尼瓦尔·布什来主持该小组的工作。布什在接到电话后表示，这样一个技术小组由奥本海默博士来主持更合情合理。但是，一位空军上将告诉布什，他们更希望他担任主席。
布什默许了这一安排，但他一定要让奥本海默加入小组。当布什打电话告诉奥本海默这个消息时，他刚从佩罗卡连特回来。专家小组在9月19日上午举行了5个小时的会议。虽然会议由布什主持，但是奥本海默主导了大部分讨论内容，到午餐时，所有人都一致认为证据确凿：“乔1号”确实是一次核弹试验，而且他们仿制了曼哈顿计划的钚弹。
第2天，利连索尔向杜鲁门总统汇报了调查小组的结论，并请求他立即宣布此事。利连索尔在日记中写道，他“据理力争，但几乎毫无进展”。杜鲁门迟疑不决，他说他甚至还不确定苏联是否真有核弹。他对利连索尔说，他会把这个消息放几天，好好考虑一下。听到这些时，奥本海默感到难以置信和恼火，他对利连索尔说，他们错过了一个抓住主动权的机会。
终于，3天后，尚存疑虑的杜鲁门不情愿地宣布苏联发生了核爆炸，他还有意地拒绝承认那是一枚核弹。大吃一惊的爱德华·泰勒打电话给奥本海默，问他：“我们现在怎么办？”奥本海默只说了一句：“少安毋躁。”
那年秋天，奥本海默平静地对《生活》杂志的一名记者说：“‘乔行动’是意料之中的事情。”他从不认为美国的核垄断会持续很长时间。1年前，奥本海默曾对《时代》杂志说：“我们的核垄断就像在太阳底下融化的冰激凌蛋糕……”现在，他希望苏联有核弹的事实能说服杜鲁门改变方针和路线，能够继续他们在1946年所做出的努力，对所有核技术进行国际化管制。但奥本海默也担心政府可能会反应过度，他从别处听说有人在讨论预防性战争。戴维·利连索尔发现他的朋友因紧张而“狂躁不安”，他告诉利连索尔：“这次我们不能再搞砸了，这下也许可以消除保密政策带来的恶果。”
奥本海默认为杜鲁门政府对保密政策的执迷不仅不合逻辑，还会适得其反。他和利连索尔一整年都在努力推动总统和他的顾问们在核问题上更加开放。现在苏联已经拥有核弹，他们据此认为过度的保密已经没有任何意义。在原子能委员会总顾问委员会的一次会议上，奥本海默表示，他希望苏联的进展能推动美国采取“更加理性的安全政策”。
就在奥本海默警告不要做出过激的反应时，国会山的议员们已经开始讨论如何反制苏联的进展。几天内，杜鲁门批准了一项增加核武器生产的参谋长联席会议提案。1948年6月，美国的核武器储备约为50枚核弹，到1950年6月这一数字将迅速增至约300枚。这只是一个开始。原子能委员会委员刘易斯·斯特劳斯散发了一份备忘录，该备忘录认为美国相对于苏联的军事优势必将被削弱，斯特劳斯借用物理学的术语说，美国只有在技术上实现“量子跃迁”，才能重新获得绝对优势。这个国家需要一个紧急方案来开发超级炸弹——热核武器。
直到1949年10月，杜鲁门才意识到超级炸弹的可行性，但是获悉这一消息之后，总统马上就产生了浓厚的兴趣。奥本海默对超级炸弹一直持怀疑态度，他在给科南特的信中写道：“我不确定这个破东西是否行得通，也不确定除了用牛车拉，我们还能怎么把它运到轰炸目标。”他预计超级炸弹会是一个庞然大物，根本没法用飞机运输。这种比原子弹破坏力大千万倍的武器让他深感良心不安，所以他希望能证明超级炸弹在技术上是行不通的。比原子弹（裂变反应）更可怕的超级炸弹（聚变反应）肯定会使核军备竞赛升级。核聚变的物理学原理效仿了太阳内部的核反应，这意味着聚变爆炸没有极限。只要加入更多的重氢就可以实现更强烈的爆炸。如果装备了超级炸弹，一架飞机可以在几分钟内杀死数百万人。对任何已知的军事目标来说，它的威力都过于巨大，作为一种大规模杀伤性武器，它将滥杀无辜。一想到可能制造出这样的武器，奥本海默就充满恐惧，但这种可能性也激发了另外一群人的想象力，这些人包括众多的空军将领和他们在国会的支持者，以及支持爱德华·泰勒制造超级炸弹的科学家们。
早在1945年9月，奥本海默就代表一个特别科学顾问小组撰写了一份秘密报告，该小组的成员除了他还有阿瑟·康普顿、欧内斯特·劳伦斯和恩里科·费米。报告建议
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