：“目前不应投入在（超级炸弹或氢弹）上……”当然，也“不应忘记”此类武器具备可行性。但这并不是当务之急，奥本海默没有在报告里正式提出与此有关的伦理问题。但康普顿代表他本人、奥本海默、劳伦斯和费米写信向亨利·华莱士解释说：“我们认为不应进行这种（氢弹）研发，这主要是因为我们宁肯战败也不愿用氢弹造成的大规模人类灾难来换取胜利。”（最后两句话还加了重点。）
在接下来的4年里，情况发生了很大变化。美国与苏联关系恶化，核武器成为美国新兴的遏制政策的支柱，美国的核武库的原子弹增加到100多枚，而且越来越多威力更大的原子弹将陆续出现。所以显而易见，关于超级炸弹的疑问是：如果制造出这种威力巨大的新型武器，它会对美国的国家安全产生何种影响？
1949年10月9日，奥本海默前往马萨诸塞州剑桥市，参加哈佛大学监督委员会的一次会议，那年春天他刚刚当选该委员会的成员。他住在科南特位于昆西街的家中，他和这位哈佛校长进行了一场“漫长而棘手的讨论，不过讨论的内容与哈佛毫无关系”。在当月晚些时候，原子能委员会总顾问委员会将开会讨论超级炸弹的提议，他们两人都认为必须尽力阻止。所以现在他们一股脑地把自己的忧虑都说了出来，大概就是在这次谈话中，科南特告诉奥本海默，“我死也不会同意”制造氢弹。一个文明国家竟然会考虑使用这种可怕的杀人武器，这让科南特极为愤慨，他认为这无异于一台种族灭绝的机器。
当月晚些时候，也就是10月21日，奥本海默听取了热核反应研究现状的汇报后，坐下来给“吉姆叔叔”写了一封长信。他承认，在他们最后一次谈话时，“我倾向于认为超级炸弹也许有一定的意义”。但从技术上说，他仍然认为超级炸弹“是一种在设计、成本、运输和军事价值方面仍是未知数的武器，这与我们7年前讨论时的情况没有什么不同”。7年来唯一改变的是这个国家的舆论氛围。奥本海默指出：“两位经验丰富的推手——欧内斯特·劳伦斯和爱德华·泰勒一直在努力活动。这个项目一直是泰勒的心头好，而欧内斯特也坚信，我们必须从‘乔行动’中（苏联的核爆炸）吸取教训，苏联人很快就会制造‘超级炸弹’，我们最好抢在他们前面。”
奥本海默和总顾问委员会的其他成员都认为制造氢弹的技术难题仍然很棘手，但他和科南特还是对超级炸弹的政治影响忧心忡忡。“真正让我担心的是，”奥本海默在给科南特的信中写道，“这种武器让国会和军方人士想当然地认为，它就是对付苏联所取得的（核武器）进展的措施。所以，我们反对研发这种武器肯定会被视为愚蠢之举。但我们一直都明白此事势在必行，而且必须如此……但是当我们决心把这当作保护国家和维护和平的出路时，我认为这是一个充满危险的举动。”
奥本海默注意到参谋长联席会议已经倾向于要求总统启动氢弹应急计划，他开始担心“那些优秀的物理学家的立场也开始动摇”。他写道，就连汉斯·贝特也在考虑重返洛斯阿拉莫斯，全职投入研制超级炸弹。
实际上，贝特还没有拿定主意，当天下午他就到了普林斯顿。和他同行的还有爱德华·泰勒，泰勒已经开始在全国各地招募物理学家重返洛斯阿拉莫斯。据泰勒称，贝特已经说他也会加入。贝特反驳了这一说法，并坚称他来普林斯顿就是为了听听奥本海默的建议。然而，他发现奥本海默“对于究竟何去何从同样犹豫不决，理不出头绪。我没从他那里得到我想要的建议”。
虽然奥本海默几乎没有透露自己对超级炸弹的看法，但他确实告诉贝特和泰勒，科南特反对应急的氢弹计划。离开普林斯顿时，泰勒感到很宽慰，因为来之前他确信奥本海默会反对研制这种武器，但现在看起来奥本海默的态度还在摇摆。他还希望现在贝特可以到洛斯阿拉莫斯与他一起工作。
但是到了周末，贝特和他的朋友维克托·魏斯科普夫讨论了氢弹的问题，后者认为用热核武器进行战争无异于自杀。“我们都认为，”贝特说，“在这样一场战争之后，即使我们赢得了战争，世界也不会再是……我们想维护的那个样子。我们会失去我们为之奋斗的一切。这是一次深入的长谈，对我们两人来说，这也是一个非常棘手的话题。”几天后，贝特打电话告诉了泰勒他的决定。“他很失望，”贝特回忆说，“但是我如释重负。”然而，尽管魏斯科普夫扮演了关键角色，泰勒却坚信奥本海默才是贝特转变态度的罪魁祸首。
与此同时，奥本海默也在与自己进行着一场艰难的对话，尽管在科学、政策和道德层面，他对研发超级炸弹都心存疑虑，但他仍在纠结。作为总顾问委员会主席，他出于尽责，必须努力克制自己的天性和偏向。他需要倾听各方意见。但科南特不受这些约束，在收到奥本海默10月21日的来信后，他做出了态度鲜明的回应。他可能是在电话里告诉了奥本海默，如果总顾问委员会要讨论超级炸弹的提案，“哪怕被视为愚蠢之举，他也要反对这件事”。
1949年10月28日周五下午2点，在宪法大道的原子
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