这一决定，他说：“这简直是一场葬礼聚会，特别是我们的嘴还都给堵上了。”心灰意冷的奥本海默打算辞去总顾问委员会的职务。艾奇逊担心奥本海默和科南特会动用美国公众的力量进行呼吁，于是他特意嘱咐哈佛大学校长科南特：“看在上帝的分儿上，不要搅乱大局。”
科南特告诉奥本海默，艾奇逊警告说公开讨论此事将“违背国家利益”。于是，奥本海默再一次扮演了忠实的支持者。正如他后来作证时说的那样，他认为在那时辞职并“对一个已有定论的问题挑起辩论”似乎是不负责任的行为。科南特给朋友的信中说，他和奥本海默“没有辞职（或者至少我没有），因为我们只想做一名好战士”。后来回想起这个决定，他表现出了悔意，他认为他们俩都应该立即辞职。
如果当时奥本海默迈出了那一步，他的人生就会迥然不同，不会遭遇那么多波折。但他没有，像科南特一样，奥本海默再次选择了顺从。然而，对那些推动这项决定的人，奥本海默无法掩饰自己的蔑视。就在杜鲁门宣布这一决定的当晚，奥本海默感觉有必要参加在肖勒姆酒店举行的庆祝斯特劳斯54岁生日的聚会。一个记者发现奥本海默一个人在角落里，于是走到他面前说：“您看起来可不大高兴。”奥本海默低声回答：“底比斯的瘟疫来了。”当斯特劳斯想把他的儿子和儿媳介绍给这位著名的物理学家时，奥本海默粗鲁地在肩头挥了下手就一言不发地转身离开了。结果可想而知，斯特劳斯为此怒火中烧。
研制氢弹是在未经公开讨论的情况下秘密做出的决定，而且奥本海默认为，对其后果也缺乏客观公正的评估。保密政策助长了愚昧无知的决策，因此奥本海默决定公开反对保密政策。1950年2月12日，奥本海默出现在埃莉诺·罗斯福周日早间脱口秀的首播节目上，斯特劳斯看到他在这个节目上公开质疑氢弹研制的决策过程，这让斯特劳斯非常生气。奥本海默告诉电视观众：“这些虽然都是复杂的技术问题，但它们触及了我们的道德底线。做出这些决策依据的事实都是保密的，这对我们来说是极其危险的。”在斯特劳斯看来，这些言论意味着对总统的公然蔑视，所以他一定要想法让白宫知晓奥本海默的讲话内容。
那年夏天晚些时候，在《原子科学家公报》上，奥本海默重申“这些决策所依据的信息都成了秘密”。他认为，这既无必要也不明智：“这些信息对敌人没什么用，但对于人们理解政策问题却不可或缺。”政府中没有人同意这一看法，保密政策越发严格是大势所趋。
近五年来，奥本海默一直试图利用他作为著名科学家的声望和地位，从内部影响华盛顿日益壮大的国家安全机构。他那些左翼的老朋友，如菲利普·莫里森和罗伯特·瑟伯尔，甚至他的弟弟都警告过他，这是一场徒劳的赌博。1946年，他已经有过一次失败的经历，当时杜鲁门总统任用的伯纳德·巴鲁克破坏了《艾奇逊-利连索尔报告》中提出的国际原子弹管制计划。现在，他再次没能说服总统及其幕僚放弃那个“烂主意”——这是科南特对艾奇逊说的原话。美国政府现在决定制造一种比广岛原子弹致命1 000倍的炸弹。尽管如此，奥本海默仍然不会“搅乱大局”。他将继续是华盛顿的圈内人，但同时他也越来越直言不讳，越来越受到怀疑。
RDS-1（俄语：РДС-1）是苏联首次核试验武器。在西方，它的代号是“乔1号”（Joe-1），乔是约瑟夫的昵称，取自苏联领导人约瑟夫·斯大林的名字。——译者注
原文是Uncle Jim，指的是哈佛大学校长詹姆斯·科南特，吉姆是詹姆斯的昵称。——译者注
政策规划办公室是美国国务院主要的战略规划部门，1947年由美国外交学家乔治·凯南应国务卿乔治·马歇尔的要求而建立，为国务卿提供独立的政策分析和咨询服务。它的第一个任务是规划马歇尔计划。乔治·凯南此时已预言未来世界的两极格局。对他来说，马歇尔计划正是他的新理论——对苏联的遏制政策的核心内容。——译者注
在古希腊悲剧《俄狄浦斯王》中，在俄狄浦斯统治下的底比斯突遭瘟疫之苦，为了拯救城邦，俄狄浦斯只好向先知求救，他开始探究自己的身世，他的厄运也由此开始。——译者注