“科学家X”
他（奥本海默）已经受够了我，我也受够了他。
——约瑟夫·温伯格
1950年春，奥本海默已经有充分的理由认为联邦调查局、非美活动调查委员会和司法部都在追查他。胡佛告诉他的探员，奥本海默可能会因作伪证而被起诉，他们必须继续全力调查他。那年春天，联邦调查局的探员曾两次在普林斯顿的办公室里问讯奥本海默。探员们指出，尽管奥本海默“十分配合”，但他也“非常担心会因过去与共产党的关系而公开受审”。他非常担心自己的名字会与约瑟夫·温伯格联系在一起，因为克劳奇夫妇和非美活动调查委员会已经确认他就是苏联间谍“科学家X”。奥本海默最后一次见到温伯格是在1949年美国物理学会的一次会议上，那时非美活动调查委员会刚盯上温伯格。这次见面时，温伯格感觉到奥本海默的态度有些冷淡。温伯格回忆说：“当时我们的关系笼罩着一层阴云，这层阴云就是奥比不确定我究竟会做出什么来。他不得不担心如果我承受的压力过大，事态可能会对他不利……很显然，他觉得如果我不够坚强，可能会被迫供认一些对他不利的事情，甚至可能是诬陷。”
温伯格承认，他的处境让人“心惊胆战”又不知所措。他当然知道自己不应该在1943年与史蒂夫·纳尔逊讨论核弹计划，但他不知道他们的谈话被录音了。他也不认为自己的行为属于间谍活动。而就在最近，《密尔沃基新闻报》在一篇不着边际的报道中称，温伯格曾是苏联的情报人员，甚至还传递过铀235的样本。温伯格心想：“我的天，他们是怎么胡乱联想，捏造出这样的事情呢？”有一段时间，他觉得自己可能撑不住了。“我感到绝望和孤立无援，我崩溃了，而且四面受敌。当时我真是在发抖。如果他们（联邦调查局）跟进调查此事，天知道我会说出些什么。”
温伯格很幸运，当局的行动缓慢。那年春天，旧金山的一个联邦大陪审团正在考虑对他提出伪证罪指控，但司法部手中几乎没有任何可用的证据。温伯格曾宣誓作证说，他从来没有加入过共产党，甚至从未见过史蒂夫·纳尔逊；联邦调查局的窃听也是非法的，因此法庭不能采信这样的证据，而且没有其他证据表明温伯格曾是共产党员。1950年4月，联邦调查局已经询问了旧金山地区18名现在和曾经的共产党员，没人能证明温伯格与共产党有牵连。在没有窃听证据的情况下，大陪审团未能在1950年对温伯格提起诉讼。
这次挫折并没让司法部善罢甘休，1952年春，司法部召集了另一个大陪审团。他们手上只多了一个对温伯格不利的证据，那就是保罗·克劳奇的证词，他说自己曾看到温伯格在一次党内会议上与纳尔逊交谈。检察官很清楚克劳奇的证词可能不可靠，但他们也许已经盘算过，庭审可能会牵出更多不利于温伯格甚至不利于奥本海默的证据。不过，此时的温伯格已经鼓足勇气要坚持到底。“他们太蠢了，”温伯格后来谈到他的对手时说，“等他们动手时，我不仅没有那么绝望了，也没那么在乎了。”在接受大陪审团问讯时，他一直守口如瓶，也从未提及奥本海默。温伯格说：“我根本不想把奥比牵扯进来，我死也不会这样做的。”
那时，奥本海默已经又经历了一次问讯，这次还是因为克劳奇夫妇指控他于1941年7月在伯克利的凯尼尔沃思巷寓所主持过一次共产党会议。这一次询问他的是参议院司法委员会的两名调查人员，当时他的律师赫伯特·马克斯也在场。奥本海默再次否认自己认识克劳奇夫妇。他还说自己没见过驻旧金山的苏联情报官员格里戈里·凯费茨，而且史蒂夫·纳尔逊也没向他打听过核弹计划的情况。
这次问讯可谓来者不善。马克斯看到参议院的人一直在做详细的笔录，于是他打断了他们说，他想要一份这次谈话记录的副本。这一请求遭到了他们的拒绝，这时马克斯坚持说，如果他们想继续询问奥本海默，“我们也得拿到一份谈话记录”。对此，参议院工作人员冷冷地说道，去年春天传唤奥本海默时，是他的另一名律师约瑟夫·沃尔普提议以“非正式谈话”的方式对他进行问讯的。参议院工作人员说，他们认为自己“一直对此很配合”。20分钟的问讯就此戛然而止。这样的遭遇让奥本海默和马克斯相信克劳奇夫妇惹起的风波并未平息。
1952年5月20日，就在温伯格被起诉前三天，奥本海默抵达华盛顿接受了另一次审问。准备起诉温伯格的律师们认为，让奥本海默与指控他的人对质或许对案情有帮助。4年前，理查德·尼克松和他手下的非美活动调查委员会的调查人员将毫无防备的阿尔杰·希斯诱骗到纽约市科莫多酒店的一个房间，并让他与指控他的惠特克·钱伯斯对质。现在希斯因为伪证罪正在服刑。也许司法部的调查人员认为，在奥本海默身上，尼克松的手段也值得一试。
奥本海默在律师的陪同下走进司法部，接受刑事审判庭律师的问讯。当被问及所谓的1941年7月在凯尼尔沃思巷寓所的会议时，他再次否认了克劳奇夫妇的说法，并坚称当时他在新墨西哥州。他说他既不认识保罗·
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