尽力而为，他质问奥本海默，在制造原子弹时，他是否也是等到“掌握所有事实后”才动手。奥本海默用他的蓝眼睛冷冷地瞪了里科弗一眼，说确实如此。虽然这位海军中将是出了名的专横跋扈，但是直到他离开，奥本海默都在克制自己。他离开后，奥本海默走到一张桌子旁，这张桌子上有里科弗留下的一个小巧的木制潜艇模型。他把手放在潜艇上，轻轻地把它压碎，然后默默地走开了。
奥本海默的政敌圈子不断扩大。正如他的老朋友哈罗德·彻尼斯多年前说的那样，奥本海默有时说话“非常无情”。他对下属经常是和蔼体贴，对同事却可能很刻薄。
刘易斯·斯特劳斯仍然是奥本海默最危险的政敌。1948年夏天的国会听证会上，奥本海默嘲笑了他的建议，他对此一直念念不忘。“这可不是什么值得开心的日子，”斯特劳斯在1949年7月给朋友的信中写道。由于多次在原子能委员会内提出各种异议，斯特劳斯感到自己处境被动。考虑到委员会里有奥本海默和他的朋友，他只能私下抱怨说：“在他们眼里，我犯了大不敬罪，因为我竟然狂妄地对他们提出异议。”他认为奥本海默的密友赫伯特·马克斯和安妮·马克斯在散布他的流言，“大意是说我是个‘孤立主义者’”。斯特劳斯的一位朋友说有些人似乎认为“在科学问题上与奥本海默博士意见相左纯属放肆”，于是斯特劳斯在他的奥本海默档案中的“博学”一项增加了一条备忘录，他提到奥本海默曾经提议对铀进行“变性”，后来证明这根本行不通。
斯特劳斯还相信奥本海默是在有意拖延热核炸弹的研究，他认为：“奥本海默就像一位无心应战的将军，他让胜利希望渺茫。”1951年年初，虽然斯特劳斯已不再是原子能委员会的委员，但他还是找到了委员会主席戈登·迪安，并宣读了一份精心起草的备忘录，他在其中指责奥本海默“蓄意破坏热核炸弹项目”。他说必须对此采取“激进措施”，他在强烈暗示应该解雇奥本海默。而且，似乎是为了强调挑战科学家要冒政治风险，在会面结束时，斯特劳斯戏剧性地把备忘录扔进了迪安的壁炉里。不管有意还是无意，这个动作都像是一个隐喻：为了国家安全，就要将奥本海默的影响力化为灰烬。
1949年秋，政府内部关于超级炸弹的争论趋于白热化，就在此时，斯特劳斯得知了一个绝密情报，该情报进一步加深了他对奥本海默的怀疑。10月中旬，联邦调查局通知他，破译的苏联密电显示，一名苏联间谍一直在洛斯阿拉莫斯活动。这些密电似乎与英国物理学家克劳斯·福克斯有关，他于1944年跟随英国科学家代表团来到了洛斯阿拉莫斯。在接下来的几周里，斯特劳斯和其他人都了解到福克斯已经获取大量关于原子弹和超级炸弹的机密情报。
在联邦调查局和英国人调查福克斯的同时，斯特劳斯开始了他对奥本海默的私人调查。在打给格罗夫斯将军的电话中，他提到了奥本海默在联邦调查局的档案，并询问了“希瓦利埃事件”。作为回应，格罗夫斯给斯特劳斯写了两封长信，他在信中解释了1943年发生的事情，以及他为何接受了奥本海默对“希瓦利埃事件”的解释。在第一封信中，他强调自己相信奥本海默是一个忠诚的美国公民。在第二封信中，他试图说明“希瓦利埃事件”的复杂性。
格罗夫斯还明确表示，他不认为奥本海默在该事件中犯了什么罪。他在给斯特劳斯的信中写道：“必须意识到一点，如果有人因为结交过有共产主义倾向或者同情过苏联的朋友，我们就毫不犹豫地将他们清除出去，那么我们就会失去许多最优秀的科学家。”
格罗夫斯为奥本海默的辩护并不能让斯特劳斯满意，他还在继续寻找可以给奥本海默定罪的证据。到12月初，他与格罗夫斯的前助手肯尼思·尼科尔斯上校取得了联系，尼科尔斯对奥本海默厌恶至极。在接下来的几年里，尼科尔斯将成为斯特劳斯的助手和知己。这两个人因为都对奥本海默怀有敌意而走到了一起。现在，尼科尔斯欣然向斯特劳斯提供了一封信件的副本，这封信是1945年9月阿瑟·康普顿写给亨利·华莱士的，康普顿在信中声称代表奥本海默、劳伦斯和费米表示他们“宁愿战败”，也不愿用像超级炸弹这样的种族灭绝武器赢得胜利。这种观点激怒了斯特劳斯，在他看来，康普顿的信进一步证实了奥本海默的危险影响。哪怕这封信是出自康普顿之手，哪怕信中指出劳伦斯和费米也持同样的观点，斯特劳斯全都视而不见。
1950年2月1日下午，也就是杜鲁门宣布支持超级炸弹计划的第二天，斯特劳斯接到了埃德加·胡佛的电话。这位联邦调查局局长告诉他，福克斯刚刚供认他从事了间谍活动。虽然福克斯到洛斯阿拉莫斯一事与奥本海默无关，但斯特劳斯仍然借机针对他，因为福克斯的间谍活动发生在奥本海默的眼皮底下。第二天，斯特劳斯在给杜鲁门的信中写道，福克斯案“更加说明（关于超级炸弹）您做出了明智的决定”。按照斯特劳斯的逻辑，福克斯案证明了他完全有理由执着于保密政策，反对与英国或任何国家分享核技术和研究用放射性同位素。在斯特劳斯和胡
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