佛看来，因为福克斯案的曝光，需要重新审视奥本海默的左翼历史。
奥本海默得知福克斯认罪的那天，他碰巧和自己在洛斯阿拉莫斯时的秘书安妮·马克斯在中央车站著名的生蚝吧共进午餐。“你听说福克斯的消息了吗？”他问道。他们一致认为，福克斯在洛斯阿拉莫斯一直是一个安静、孤僻甚至有点儿可怜兮兮的人。安妮·马克斯回忆说：“奥本海默被这个消息惊呆了。”但是另一方面，他怀疑福克斯对超级炸弹的了解可能仅限于那个不实用的“牛车”模型。就在同一周，他对研究院的同事亚伯拉罕·派斯说，他希望福克斯把自己知道的超级炸弹的所有信息都告诉了苏联人，因为那样“会让他们倒退好几年”。
就在福克斯认罪的消息公开前几天，奥本海默到国会原子能联合委员会的闭门会议上作证。当有人专门问到奥本海默在20世纪30年代的政治活动时，他平静地解释说，他曾天真地认为共产党人有一些办法解决大萧条时期美国面临的问题。在当时的美国国内，他的学生很难找到工作，而在国外希特勒虎视眈眈。虽然奥本海默自己从没加入过共产党，但他主动承认，在二战期间，他一直与一些共产党员保持着友谊。然而，他渐渐发现美国“共产党……内部缺少诚实和正直”。
后来，联合委员会一位年轻的工作人员威廉·利斯库姆·博登给奥本海默写了一封信，礼貌地感谢他出席会议。他写道：“我……认为您在委员会面前作证是正确之举，我认为此举大有益处。”
博登毕业于圣奥尔本斯中学和耶鲁大学法学院，他头脑聪明，精力充沛，痴迷于苏联威胁论。二战期间，他在驾驶一架B-24轰炸机执行夜间任务时，一枚德国V-2火箭在飞往伦敦的途中与他擦身而过。“它就像一颗流星，”博登后来写道，“喷出一连串红色火花，嗖嗖地从我们身边飞过，那一刻飞机就好像静止不动。我确信，这样的火箭迟早会让美国遭受越洋的直接攻击。”1946年，他写了一本危言耸听的书——《时日无多：战略革命》，他在书中说未来有发生“核弹版珍珠港事件”的危险。博登预测，在未来几年里，美国的对手将拥有大量装有核弹头的洲际火箭。在耶鲁大学，博登和他的保守派同学们在报纸上付费刊登了一则广告，敦促杜鲁门总统向苏联发出关于核武器的最后通牒：“让斯大林决定——是核战争，还是核和平。”参议员麦克马洪看到了这则充满煽动性的广告，他聘请28岁的博登作为他在国会原子能联合委员会的助手。“博登就像街上新来的狗，比老狗叫得更响、咬得更狠，”普林斯顿的物理学家约翰·惠勒写道，他在1952年见过博登，“无论他往哪里看，他看到的都是企图拖慢或干扰美国武器发展的阴谋。”
博登第一次见到奥本海默是在1949年4月的总顾问委员会会议上，当时他在一旁默默听着奥本海默当众贬斥列克星敦计划，这是美国空军建造核动力轰炸机的计划。仿佛这还不够富有争议，奥本海默接下来批评了原子能委员会推进民用核电站项目的计划，他说：“这是一项危险的工程。”博登听完不以为然，他离开时认为奥本海默是一个“天生的领导者和操纵者”。
然而，在福克斯认罪之后，博登开始怀疑奥本海默也许不只是个“操纵者”，他可能比这危害更大。他的怀疑自然也受到了刘易斯·斯特劳斯怂恿。到1949年，斯特劳斯和博登已经互相直呼其名，甚至在离开原子能委员会后，斯特劳斯仍与博登保持着联系，那时博登是国会原子能联合委员会的主管，该委员会负责监督原子能委员会的活动。他们很快就意识到彼此都对奥本海默的影响力有类似的担忧。
1950年2月6日，联邦调查局局长胡佛在联合委员会作证时，博登也在场。胡佛表面上是来向委员会汇报福克斯的事情，实际上说了很多奥本海默的情况。当天参加会议的还有参议员麦克马洪和国会议员亨利·杰克逊（他是华盛顿州的民主党人）。
杰克逊在华盛顿州的选区是汉福德核设施的所在地。他是一位强硬的反共主义者，也是核武器的坚定支持者。在1949年秋争论超级炸弹时，他遇到了奥本海默，还邀请他到华盛顿特区的卡尔顿酒店共进晚餐。席间他听到这位物理学家辩称，制造氢弹只会加剧军备竞赛，导致美国更加不安全，杰克逊对此感到难以置信。多年后杰克逊说：“我认为他有一种内疚情结，那源自他在曼哈顿计划中所扮演的角色，”。
在2月6日的会议上，杰克逊和麦克马洪第一次从胡佛那里听说哈康·希瓦利埃不仅在1943年接触过奥本海默，还提议与美国的战时盟友苏联分享科学情报。胡佛报告说奥本海默拒绝了希瓦利埃的提议，但是对多疑的博登来说，这件事听上去仍涉嫌犯罪，他开始怀疑奥本海默是不是出于对共产主义事业的执迷不悟才反对研制超级炸弹。
1个月后，爱德华·泰勒告诉博登，奥本海默曾想在战后关闭洛斯阿拉莫斯。他声称奥本海默说过：“让我们把它还给印第安人吧。”正如历史学家普丽西拉·J.麦克米伦记录的那样，泰勒不遗余力地栽培博登来对付奥本海默。根据麦克米
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