斯问奥本海默是否散播过一个流言，说芬勒特部长吹嘘只要几枚氢弹，美国就可以统治世界，此时的奥本海默彻底失去了最后一点儿耐心。奥本海默盯着格里格斯说，他听说过这件事，而且他相信这是真的。格里格斯坚持说他当时和芬勒特在一起，他根本没说过这样的话。奥本海默回应说，他的消息来源绝对可靠，而那个人当时也在场。
既然诽谤已经摆上台面，奥本海默干脆接着问格里格斯，他究竟认为自己“是亲苏，还只是犯糊涂”。格里格斯说他也搞不清楚。奥本海默接着问道，那么你有没有质疑过我的忠诚？格里格斯回答说，他确实听到有人质疑奥本海默的忠诚，他也曾与芬勒特和空军参谋长霍伊特·范登堡讨论过奥本海默可能对国家安全构成威胁。对此，奥本海默表示格里格斯是“一个妄想狂”。
格里格斯气冲冲地走了，他比以往任何时候都更确信奥本海默是个危险人物。随后，他给了芬勒特一份“仅供他阅览”的会面记录。奥本海默天真地认为格里格斯根本无足轻重，不会对他造成伤害。几周后，奥本海默在与芬勒特共进午餐时，重演了他在普林斯顿的那一幕，这让他的处境雪上加霜。本来空军部长的助手认为，现在是时候让他们两人单独会面讨论分歧了。但是奥本海默因为在国会作证迟到了，而且整个午餐期间他都面无表情地坐在那里，作为老练的华尔街律师，芬勒特不断地想要套他的话。奥本海默毫不掩饰自己的蔑视，他的表现“粗鲁得令人难以置信”。他已经开始厌恶这些空军人士，因为他们只想制造更多的炸弹，杀死数以百万计的人。在他看来，他们是如此穷凶极恶，道德上如此麻木不仁，以至于他几乎乐于与他们成为政敌。几周后，芬勒特和他的手下告诉国会原子能联合委员会：“奥本海默是不是颠覆分子”仍是一个悬而未决的问题。
芬勒特对奥本海默的指控反映出那些参与核问题辩论的人都变得越来越极端。奥本海默本人也未能幸免。1951年6月，他向“当前危机委员会”（他是该委员会的成员）发表了一次非正式演讲，该委员会是一个致力于游说政府建立常规防御体系的私人组织。他在即兴演讲中提出西欧真正需要的防御体系应该能“让欧洲保持自由，不被（原子弹）摧毁”。他总结道：“我们终极的理想应该是最终‘摆脱这种核原料的武器’。”
到1952年，奥本海默已经在公开预测预防性战争的可能性，这说明他的思想已经发生很大的变化，因为仅仅在3年前，他还对这个想法深恶痛绝。可以肯定的是，他从未真正支持过这一想法，但他在一些场合提到过这种可能性。1952年1月，奥本海默与艾尔索普兄弟进行过一次讨论，约瑟夫·艾尔索普指出：“说白了，奥比的路线简直就是预防性战争，他说我们不能坐视一个潜在的敌人不断发展能摧毁我们的武器。”
1953年2月，奥本海默在美国外交关系协会做了一次演讲，有人问他，在目前情况下预防性战争的想法是否有意义。他回答说：“我认为有意义。我大体上的感觉是，如果现在开始一场持续时间不太久的战争，美国将会幸存下来，虽然会遭到破坏，但仍能存活下去……不过这并不意味着我认为它是个好主意。我认为，除非你能直视老虎的眼睛，否则你将处于最危险的境地，也就是继续待在危险之中。”
到1952年，奥本海默已经基本上对华盛顿感到厌倦。杜鲁门总统经常忽视他的建议，因此他打算彻底不再参与决策。5月初，他在华盛顿的宇宙俱乐部与詹姆斯·科南特和李·杜布里奇共进午餐。三位朋友惺惺相惜，他们聊起了自己在华盛顿的处境。后来，科南特在日记中写道：“在原子能委员会的总顾问委员会里，有些‘家伙’随时准备对我们下手。他们宣称我们在氢弹项目上拖了后腿，还抹黑奥比！”6月，三人都向该委员会递交了辞呈，10多年来和“一个糟糕且每况愈下的行业”打交道让他们灰心丧气，再加上他们意识到有人要把他们赶出总顾问委员会。奥本海默在给弟弟的信中说，他现在打算投身于物理学，“物理学复杂又奇妙，除非我甘心做一个旁观者，否则它对我来说也很艰深；不过总有一天，我会变得游刃有余，但也许仍需时日”。
但要从华盛顿脱身并非易事。就在奥本海默从总顾问委员会辞职时，原子能委员会的戈登·迪安说服了他继续担任外聘顾问。这等于自动将奥本海默接触绝密文件的Q级安全许可延长了一年。这还不是全部。4月，奥本海默同意了国务卿迪安·艾奇逊的请求，成为国务院裁军问题特别顾问小组的一员。与他共事的有万尼瓦尔·布什、达特茅斯学院院长约翰·斯隆·迪基、中央情报局副局长艾伦·杜勒斯和卡内基国际和平基金会主席约瑟夫·约翰逊。奥本海默一如既往地被委员会选为主席。
艾奇逊还聘请了当时33岁的哈佛大学政府学教授麦乔治·邦迪担任小组的书记员。人称“马克”的麦乔治·邦迪的父亲是哈维·邦迪，他是亨利·史汀生的得力助手。麦乔治·邦迪本人非常期待见到奥本海默。邦迪头脑聪明、能言善辩又机智风趣，当他还是哈佛大学的初级研究员时，他就与人合作撰
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